绿飞秒与全飞秒相比，全飞秒的后遗症较小。绿飞秒和半飞秒都是临床眼科常见的一种激光手术治疗方法，能够治疗近视。
绿飞秒需要制作个性化角膜瓣，可能会存在结膜下出血、角膜瓣下气泡、前房气泡以及角膜瓣出血等后遗症。而全飞秒切口比较小，适合角膜不足的人群，术后恢复比较快，角膜比较稳定，术后眼睛干涩、畏光等干眼症的反应也比较小。
绿飞秒和全飞秒都有共同优点，比如疼痛感不明显，恢复快，患者隔日甚至当天就能正常生活和工作。