甲亢的鉴别首先要对甲状腺毒症进行病因鉴别，然后再进行甲亢的病因鉴别。甲状腺毒症的病因鉴别主要是通过甲状腺摄碘率来进行的，一些甲状腺炎因甲状腺破坏导致的甲状腺毒症，通常甲状腺摄碘率较低，如亚急性甲状腺炎，除了有发热，颈部疼痛的表现外，还可表现为甲状腺毒症，甲状腺摄碘率减低，通常24小时摄碘率小于5%。而甲亢导致的甲状腺毒症，通常表现为甲状腺摄碘率明显升高，或者摄碘高峰提前，仅有极少数患者摄碘率正常。甲亢又主要分为Graves病、结节性毒性甲状腺肿和甲状腺自主高功能腺瘤。Graves病除了有甲状腺毒症的表现外，还可表现为甲状腺突眼，胫前粘液性水肿，辅助检查促甲状腺素受体抗体阳性，甲状腺彩超显示弥漫性肿大。Graves病的放射性核素扫描可见核素均匀的分布增强，结节性毒性甲状腺肿可见核素分布不均，增强和减弱区呈灶状分布，甲状腺自主高功能腺瘤则仅在肿瘤区有核素浓聚，其他区核素分布稀疏，同时甲状腺超声可以发现结节和肿瘤。