咽喉炎和扁桃体炎最大的区别是组织器官不同，扁桃体是淋巴组织器官，普通的咽喉炎只是局部的黏膜充血、水肿。感染的感染原相对也不同，扁桃体发炎一般以细菌性的感染为主，特别是溶血性链球菌或者金黄色葡萄球菌，相对来说容易被细菌感染，咽喉炎一般是病毒感染比较多见。
如果咽部或者喉部被病毒感染以后出现充血、水肿，属于咽喉炎。扁桃体炎一般淋巴组织出现肿大的情况，这两者的临床症状和部位不同。扁桃体炎发热比较明显或者比较严重，咽喉炎的发热可能并不明显，甚至并不发热，相应的治疗会不同。对于细菌感染的扁桃体炎需要使用抗生素，但是对于病毒引起的咽喉炎只需要对症治疗。