微波直肠治疗主要是应用于慢性前列腺炎等前列腺疾病的治疗，使其温热效应经直肠透入前列腺，使前列腺腺体内温度均匀的升高，前列腺血管扩张，血液循环加速，改善前列腺的血液循环，加速局部新陈代谢产物和毒素的排出，从而促进前列腺炎症的吸收，控制症状。在慢性前列腺炎的治疗中，微波的疗效相对较好，但并不是绝对特效的，且慢性前列腺炎患者平时应该注意自身的保健，加强身体锻炼，提高机体的免疫力。