治疗亚急性甲状腺炎比较好的方法是好好休息，当然是不仅不上班，而且不做家务，最好的是卧床休息。亚急性甲状腺炎最主要的原因是与病毒感染相关，同时它是自限性疾病，由于抵抗力下降，像近期过度的劳累、精神的紧张，病毒乘虚而入造成亚急性甲状腺炎，表现发热、颈部痛性的包块。最主要、最重要的治疗就是良好的休息，恢复抵抗力往往大部分的症状都能够减轻。
当然有些人症状仍然没有缓解，像发热或者颈部明显的疼痛持续时间比较长，就需要进行糖皮质激素的治疗。糖皮质激素会产生神奇的效果，往往用的当天包括发热、颈部疼痛，都会完全的缓解，但是症状消失时不是马上把药停掉，往往需要在医生指导下进行药物定期的评估疗效，或帮助减药。亚急性甲状腺炎是自限性的疾病，往往病程在2-3个月就能完全恢复。医生进行各种治疗，仅仅是缓解症状，它往往是自行完全的缓解，就是自己会完全好了。