胎儿先天畸形一般五个月可以查出来，胎儿畸形检查目前主要是通过B超或彩超，在怀孕20~24周内胎儿的各个脏器都已能通过B超清楚地显现出来时可以检查出来。两个多月就可以检查出胎儿是否有胎心、胎芽，五个月的时候就可以看出是否畸形，但是有时候胎儿畸形也都到8-9月才可以查出来的。如果B超发现此时胎儿脑脊膜膨胀、突出，无脑、脊柱裂、脑积水、多肾，或明显地内脏外翻就应及时流产，以免拖至妊娠晚期给孕妇造成更大的痛苦。