经颅多普勒超声和脑核磁共振检查，是两种完全不同检查，一般不会放在一起进行比较。
前者主要是为了明确脑内血流情况，比如有没有血管流速减慢、血管发生狭窄，导致脑供血不足，也可以用来明确脑血管病病因，有没有血管畸形、动脉瘤，有无微栓子雨形成。
但核磁共振检查一般是用来查明脑部有无器质性疾病，主要是看脑实质内有没有病灶，能够发现急性脑梗死、脑出血、脑肿瘤、脑炎等疾病。
同时，如果进一步做核磁共振功能成像和血管成像，也可以帮助明确是否存在脑部代谢障碍，以及脑血管有无病变。
一般脑核磁共振的动脉系统成像和静脉系统成像，要比经颅彩色多普勒超声看血管更准确，但是并不能帮助判定是否存在微栓子雨、帮助预测脑梗死发生率。