在应用他克莫司的过程中，要密切监测血肌酐变化、血糖变化，同时要进行血药浓度的监测，一般是治疗肾病他克莫司的血药浓度维持在5-10分钟比较合适。长期服用问题就是诱发肿瘤的问题，所以一般认为他克莫司长期服用不超过两年，而且在治疗有效情况下要逐渐减量，当临床肾病综合征完全缓解的时候，可以停用他克莫司，这样相对比较安全。
临床表现为肾病综合征的微小病变，以及原发性的膜性肾病，目前的治疗趋势是应用他克莫司治疗。他克莫司在治疗这些疾病的时候应该吃多长时间，这也是困扰大多数病友主要的问题，通常认为他克莫司比环孢霉素作用更强，但是副作用更小。他克莫司的主要副作用是可以引起轻度血糖增高，以及影响肾脏血流动力学导致的轻度肌酐增高、长时间服用导致肾间质纤维化，以及免疫抑制剂。