内镜下手术切除间质瘤主要的弊端是内镜下手术视野不够开阔，对于比较大的间质瘤切除比较困难，切除间质瘤不容易做到扩大、切除，不能够将间质瘤彻底的切除干净。内镜下切除间质瘤有一个弊端，就是容易手术后复发。
间质瘤是常见的一类潜在的恶性肿瘤，早期的间质瘤一般属于良性肿瘤，没有扩散和转移，中晚期的间质瘤会扩散和转移。对于早期的间质瘤的病人，在内镜下可以进行手术切除。