嗜碱性粒细胞增多症以治疗原发病为主，主要分为药物治疗和心理治疗，改善患者症状，消除患者痛苦，帮助患者尽快恢复正常生活。经临床实践，患者一般3~6个月即可恢复。
一、药物治疗
1、硫酸鱼精蛋白(鱼精蛋白)：用于拮抗嗜碱性粒细胞。
2、抗组胺药物：
（1）H1受体拮抗剂：如赛庚啶，用于拮抗通过H1受体引起的腹泻、潮红和支气管痉挛等症状。
（2）H2受体拮抗剂：如西咪替丁和雷尼替丁，用于拮抗通过H2受体引起的胃酸分泌过多、溃疡病、胃出血和心动过速等症状。
3、抗抑郁药物：如氯丙嗪和阿米替林，用于抑郁症状突出者。
4、抗精神病药物：如氯丙嗪和氟哌啶醇，对有妄想、幻觉、兴奋激动者和出现冲动行为威胁到自身或他人安危时，可给予短期抗精神病药物治疗。症状消失后，可继续服药数周再停药，以低剂量、短疗程为宜。
5、抗焦虑药：苯二氮卓类，如安定，用于焦虑、恐惧不安者。
二、手术治疗
此病一般无手术治疗。
三、心理治疗
通过解释、支持、鼓励、指导等，帮助病人摆脱痛苦，认识疾病，面对现实，配合治疗，提高适应能力。应尽可能去除精神因素或脱离引起精神创伤的环境，转移或消除应激源。
四、其他治疗
1、造血干细胞移植：可治疗许多血液病。患者先接受超大剂量放疗或化疗，有时联合其它免疫抑制物，以清除体内的肿瘤细胞和异常的克隆细胞，然后再回输采自自身或他人的造血干细胞，重建正常造血和免疫功能。
2、电痉挛治疗：严重消极自杀企图者或兴奋躁动者，可作电痉挛治疗2~4次。
3、支持治疗：如对不能主动进食或进食量少的病人，应注意补充营养、饮水或输液。