器质性心脏病的病因和发病机制非常复杂，不同类型疾病的病因完全不同。
一、主要病因
1、先天性心脏病：一般认为妊娠早期(5～8周)是胎儿心脏发育最重要的时期，先天性心脏病发病原因很多，遗传因素仅占8%左右，而92%的绝大多数患者则为环境因素造成，如妇女妊娠时服用药物、感染病毒、环境污染、射线辐射等都会使胎儿心脏发育异常。尤其妊娠前三个月感染风疹病毒，会使孩子患先天性心脏病的风险急剧增加。
2、后天性心脏病：
（1）冠状动脉粥样硬化性心脏病(冠心病)：本病病因尚未完全确定。研究表明本病是多因素作用于不同环节所致，这些因素称为危险因素。导致冠心病的危险因素有很多，主要包括年龄、性别、高血压、血脂异常、糖尿病和糖耐量异常、超重、肥胖、吸烟、家族史等，对这些可控因素进行积极防控，有助于防治冠心病。
（2）高血压性心脏病：血压长期控制不佳会导致左心室肥厚，这是心肌对血压升高的代偿性改变，心肌收缩力增强以维持足够的心排量，但时间长可引起心肌细胞肥大、肌纤维增粗、退行性变、毛细血管相对密度下降等改变。早期出现心肌重塑现象，即向心性重塑，心肌细胞肥大但数量并不增加，排列改变、胶原纤维增多，逐步胶原累积超过20%出现纤维化，以取代失去功能的细胞，从而发生向心性肥厚，最后发生容量负荷增加引起离心性肥厚。高血压左心室肥厚首先反映在室间隔增厚上，后者是心脏大小循环所共有的部分，对左右心室收缩功能均有十分重要的作用。
（3）风湿性心脏病：风湿热因感染A组乙型溶血性链球菌后出现全身炎症，主要累及关节、心脏、皮肤和皮下组织。风湿性心脏病是风湿热重度发作或反复发作后的并发症，主要表现为心脏瓣膜病变。心脏瓣膜受到的损害可能为慢性进展性，从而导致心功能失代偿。
（4）肺源性心脏病：
（1）支气管、肺部疾病：以慢支并发阻塞性肺气肿最为多见，其次为支气管哮喘、支气管扩张、重症肺结核、尘肺、慢性弥漫性肺间质纤维化、结节病、过敏性肺泡炎、嗜酸性肉芽肿等。
（2）胸廓运动障碍性疾病：较少见，包括严重的脊椎侧后凸、脊椎结核、类风湿性关节炎、胸膜广泛粘连及胸廓形成术后造成的严重胸廓或脊椎畸形，以及神经肌肉疾患，如脊髓灰质炎。
（3）肺血管疾病：罕见，累及肺动脉的过敏性肉芽肿病，广泛或反复发生的多发性肺小动脉栓塞及肺小动脉炎，以及原因不明的原发性肺动脉高压症，可发展成肺心病。
（5）心肌病：心肌病的发生与多种因素有关。原发性心肌病的发病原因不明，继发性心肌病主要与感染、代谢疾病、内分泌疾病、缺血、过敏等因素有关。
（1）感染性原因：多见于严重的细菌、病毒、立克次体、原虫等感染，细菌或病毒直接侵犯心肌，或者其毒素影响心肌，引起心肌病，即所谓的心肌炎后心肌病。
（2）代谢性原因：最多见的是糖尿病引起的心肌病，其次为家族性糖原累积症、脚气性心脏病、酒精性心肌病、心脏淀粉样变等引起心肌改变。
（3）内分泌性原因：常见的有甲状腺功能亢进、甲状腺功能减退、肢端肥大症等导致心肌病变。
（4）结缔组织疾病：多见于红斑性狼疮、类风湿性关节炎、硬皮病等引起心肌损害。
（5）缺血性原因：主要是指冠状动脉粥样硬化、冠状动脉痉挛引起心肌缺血性改变，导致心肌病变。
（6）过敏性原因：多指磺胺药、青霉素以及其他药物过敏引起的心肌改变。
（7）中毒性原因：烧伤、白喉、伤寒等细菌毒素直接损害心肌引起心肌病。
（6）心脏肿瘤：心脏肿瘤可分为原发性和继发性肿瘤。原发性心脏肿瘤又分为良性和恶性，继发性心脏肿瘤均为恶性，是由身体其他部位恶性肿瘤转移至心肌组织，其发病率远较原发性心脏肿瘤高，为原发性心脏肿瘤的30～40倍。由于心脏肿瘤类型复杂，其病因尚不明确。良性心脏肿瘤中近一半以上为心腔黏膜瘤，其他良性心脏肿瘤尚有脂肪瘤、血管瘤、纤维瘤、错构瘤和畸胎瘤等。有研究发现近10%的心脏黏液瘤患者有家族史，其家族2号染色体(Carneg"s)和12号染色体(Kivas-genes)有异常，所以对心脏黏液瘤患者一定要详细询问其家族史。
（7）血管病变：动脉瘤形成
（1）动脉粥样硬化：由于血脂质代谢紊乱，大量血脂质和纤维素的沉积，使内膜和内膜下层组织增厚，形成粥样硬化斑块。同时动脉壁层中的滋养血管为纤维僵硬组织压迫，致动脉壁营养障碍，使中层肌纤维和弹力纤维遭破坏，发生退行性变和断裂，使动脉壁脆弱而形成动脉瘤。
（2）创伤性：损伤可由直接暴力或者间接暴力，如刀刺伤、枪弹伤、弹片伤等使动脉壁部分破裂或完全断离，造成动脉挫伤或管壁撕裂，发展或形成动脉瘤。
（3）感染性：由于动脉管腔内感染性栓塞或动脉壁的滋养血管栓塞，继发小脓肿而造成中层薄弱、膨出而形成动脉瘤。
（4）先天性：由于先天性因素使动脉壁层薄弱而产生动脉瘤，如动脉中层节段性缺如、肌纤维发育不良和中层囊性变性等。
（5）其他：病因未明的动脉壁层变性，如多发性大动脉炎、结节性动脉周围炎等。
二、诱发因素
由于器质性心脏病是一大类疾病的总称，每一种疾病的诱发因素也不尽相同。总体来说以下几种情况更容易诱发器质性心脏病。
1、吸烟：烟草中含有尼古丁、烟焦油、多环芳烃和醛类等对身体有害的物质，它们对血管的刺激较大，容易造成血管损伤。
2、饮食无节制：人们过多摄入饱和脂肪酸，可导致超重与高血压，高血压长期压力负荷增高，血中儿茶酚胺与血管紧张素Ⅱ等都可以刺激心肌细胞的肥大和间质纤维化。
3、作息不规律：作息不规律会导致内分泌严重失调，从而诱发各种心脏病。
4、免疫力低下：免疫力低下易被各种细菌、病毒感染，更容易诱发器质性心脏病。
5、易情绪激动：交感神经活动增加，机体应激反应性增强，心肌耗氧量增加。