Prader-Willi综合征是一种遗传病，没有特效的治疗方法，因此应将重点放在预防上。避免近亲结婚，做好婚前检查和产前诊断，减少疾病患儿出生的几率。
（1）避免近亲结婚，婚前需要进行婚检，了解双方现在和过去的病史和服药史，了解双方家族有无先天重度残疾，重点询问与遗传有关的病史。
（2）对于有反复早孕期自然流产的、既往有出生缺陷病史的、有家族分子遗传病史或神经管缺陷家族史的孕妇，应做产前筛查。