外伤性感染性眼内炎的治疗需要根据病情程度选择合适的方式，轻症患者药物治疗，重症患者需要手术联合药物治疗。多数患者的治疗周期为4~8周。
一、药物治疗
1、环丙沙星：为首选药物，通常采用静脉给药。但药物通过血-视网膜及血-房水屏障难以达到有效的浓度。只能作为眼内炎的辅助治疗，主要用以防治炎症的眼外蔓延。
2、头孢类抗生素：建议对于金属物体致伤、自闭伤口、穿孔伤、角膜伤口的患者须预防性全身应用2代以上头孢类抗生素。
二、手术治疗
玻璃体切除术适于眼内贯通伤、玻璃体明显混浊、失明者，是治疗外伤性感染性眼内炎最重要最有效的手段。玻璃体切割混浊的玻璃体，可有效清除玻璃体腔内大部分细菌，避免玻璃体机化。术中取玻璃体采集标本，进行涂片及细菌培养。
三、其他治疗
1、结膜下及球旁注射：都是临床常用方式，但由于药物在玻璃体浓度低，不能达不到治疗浓度，需连续给药5～7天。
2、玻璃体内注射：可使眼内抗生素达到有效治疗浓度。通常要联合用药。玻璃体腔注射抗生素易作用于视网膜，对视网膜产生毒性反应，对于玻璃体切割术后患者，注射抗生素需减量。感染控制后可考虑全身使用糖皮质激素，以减少玻璃体的炎症反应和进一步机化。