十二指肠溃疡的药物治疗包括以下几方面：
一、抑酸药，包括H2受体的拮抗剂以及质子泵抑制剂，相对而言质子泵抑制剂的抑酸作用更强于H2受体的拮抗剂，目前是治疗的首选药物，包括奥美拉唑、兰索拉唑、泮托拉唑、雷贝拉唑以及艾司奥美拉唑。
二、根除幽门螺杆菌等药物，因为十二指肠溃疡的一个主要原因就是幽门螺杆菌感染，所以诊断为十二指肠溃疡一定要查幽门螺杆菌。如果阳性，一定要根除，否则十二指肠溃疡还会复发。根除幽门螺杆菌的药物目前建议四联疗法，包括质子泵抑制剂加铋剂加两种抗生素。
三、保护黏膜的药物，包括弱碱性的抗酸药，如铝碳酸镁、磷酸镁、硫酸铝以及氢氧化铝等，这类药主要是中和胃酸，起效快，可以短暂缓解疼痛，但是单一用药很难治愈溃疡，不能作为治疗溃疡的主要药物，而是辅助用药。