阴茎扭转的病因和发病机制较为复杂，至今未完全阐明。不同类型其病因也不相同，其主要病因包括：尿道上、下裂，阴茎海绵体发育不对称，阴茎损伤，纤维性海绵体炎等。
一、主要病因
1、尿道上、下裂：这是尿道在发育过程中，开口处的位置发生了异常。尿道开口在阴茎的背侧，称为尿道上裂；尿道开口在阴茎的腹侧，称为尿道下裂。尿道上、下裂者，常同时伴有尿道周围筋膜短缩和缺乏弹性，因此平时阴茎会向上或向下弯曲，勃起后弯曲更加明显。
2、阴茎海绵体发育不对称：一侧较粗，一侧较细，勃起时阴茎就会向细的一侧弯曲，比较多见的是向左弯曲。
3、阴茎损伤：一旦阴茎海绵体的白膜受伤，又未能及时修补或发生血肿后又继发感染，这样白膜的扩张能力就会因瘢痕的形成而减退或消失，从而导致阴茎弯曲。此外，尿道手术不当，穿透尿道海绵体，长期留置导尿管发生炎症，侵入海绵体，也会造成阴茎弯曲。
4、纤维性海绵体炎：这是由于阴茎海绵体的白膜发生纤维化改变，以致阴茎勃起时出现弯曲。在我国这种情况比较少见。
二、诱发因素
1、性生活时用力过度，性交姿势不正确，造成阴茎损伤，白膜破裂。日后形成瘢痕。
2、阴茎弯曲不良生活习惯，如手淫时用力不均，穿紧身内裤使阴茎长期向一侧偏斜等。