沙眼性结膜炎最有效的治疗是利福平眼药水，但是目前市场上利福平眼药水已经不多见了。除此之外，也可以使用沙星类的眼药水，因为沙星类属于广谱抗生素，可以治疗很多细菌导致的感染，睡前需要加用一次氧氟沙星类的眼药膏，作用时间长、作用效果会更好。
但是，目前为止沙眼性的结膜炎已经比较少见，大部分的结膜炎并不是由于沙眼衣原体感染引起。所以要想诊断是不是沙眼性结膜炎，需要去医院进行特殊类型的检查才能诊断，如果只是得普通的结膜炎，不一定是沙眼性结膜炎，不能在家里面任意上药。