先天性心脏病是有一定的遗传倾向的，一部分先心病是由于单基因遗传倾向，或者染色体畸变导致的，比如肺动脉狭窄、一部分室间隔缺损等，患先心病父母其子女再次患先天性心脏病的比例要高于一般人群。但是不是所有的先天性心脏病都会遗传，还有很多先心病是遗传因素和环境因素共同导致的，某些先心病患者父母并不会遗传给子女。
另外还有一些先心病的原因，是由于母亲怀孕期间受到农药、杀虫剂等影响，以及空气污染、放射因素，或者母亲患有甲亢等基础疾病，或者怀孕期间口服抗癫痫药物，或者其它导致胎儿畸形的药物，但这些因素导致先天性心脏病并不会遗传给子女。