子宫内膜结核的治疗以抗结核药物治疗为主，休息营养为辅的治疗原则，若患者满足手术指征，必要时可进行手术治疗。
一、药物治疗
1、异烟肼：该药是单一抗结核药物中杀菌能力最强者，对细胞内外的结核分枝杆菌均具有杀菌作用，口服迅速吸收，脑脊液中的浓度也比较高。
2、利福平：该药对细胞内外的结核分枝杆菌有快速杀菌的作用，对于C菌群的结核分枝杆菌有独特的杀菌作用。
3、吡嗪酰胺：该药主要是杀灭巨噬细胞内酸性环境中的B群结核分枝杆菌。
4、乙胺丁醇：主要影响结核杆菌菌体核糖核酸的合成而具有杀菌作用。
5、链霉素：对巨噬细胞外碱性环境中的结核分枝杆菌具有杀菌作用，其他的二线抗结核药物还有左氧氟沙星、对氨基水杨酸、卡那霉素、卷曲霉素等。
二、手术治疗
1、对于药物治疗无效，形成结核性脓肿，子宫内膜广泛破坏，甚至结核性腹膜炎合并腹水者，可进行手术治疗，手术以全子宫及双侧附件切除术为宜，对年轻妇女应尽量保留卵巢功能。
2、对病变局限于输卵管，迫切要求保留生育者，可行双侧输卵管切除术，保留子宫和卵巢。
3、对于输卵管和卵巢已形成较大的包块并无法分离者，可行子宫和附件切除术。