先天性小眼球合并眼眶囊肿属于先天性胚胎发育过程中胚裂闭合不全，与遗传和基因突变有关系。目前治疗主要进行手术治疗，手术治疗后的患者需要观察半年。
一、药物治疗
本病暂无有效的药物治疗。
二、手术治疗
1、囊肿手术：不适宜过早摘除囊肿，使眼眶失去眼眶内容物的支撑而导致眼眶发育畸形。与眼球相连的小囊肿，和眼球相连范围小，可以考虑单纯切除小囊肿。眼球发育不良，大的囊肿影响外观可以考虑摘除，如果眼眶发育好可以考虑植入义眼片。
2、囊内液抽吸与切除囊肿：如有视力存在，可酌情采用抽吸囊液治疗眼眶曩肿或切除囊肿，从而促进小眼球的视功能发育。