肾脏损伤是体外冲击波碎石较为严重的并发症，损伤之后形成的疤痕，可导致永久性肾单位损失，并可导致一系列长期的不良反应，主要表现为肾实质损伤及包膜下血肿，肾盂破裂，肾单位永久性损失弥漫性纤维化瘢痕，完全性肾乳头坏死，甚至不可逆的急性肾功能衰竭。推荐体外冲击波碎石的治疗次数不要超过3-5次。由于肾组织戳伤修复所需要的时间大致在两周左右，因此连续两次应用体外冲击波治疗肾结石的间隔时间应在10-14天。