体外冲击波碎石可以将结石击碎，也可以对人体组织造成一定的破坏，其对肾脏组织的损害多发生于肾皮髓质交界处，常为小血管的破裂出血，导致肾功能损害，临床上可以出现急性肾衰，肾破裂，甚至肾切除。其对肾脏损伤程度的与冲击次数有关。如果一次性碎石过多，结石没有碎小，两次碎石间隔的时间太短，有尿路炎症等，会导致碎石后的小结石堆积在输尿管内或尿道内形成石街，影响尿液排出。如果这个石街三周后不及时处理，肾功能就很难恢复，如果完全堵塞输尿管，六周后肾功能将完全丧失。