牙齿有黑洞最常见的原因是发生了龋齿。龋齿可以发生在牙体的各个牙面上，分为浅龋、中龋、深龋。浅龋就是龋坏组织仅局限在牙齿的釉质层，表现为牙齿龋坏的局部牙面失去光泽呈白垩色，此时龋坏的牙齿没有硬组织缺损。在中龋、深龋时出现牙体硬组织缺损，出现龋洞，龋洞内有大量的龋坏组织称为腐质，腐质的颜色不同，常为黑色、深褐色，硬度也不同，所以当牙齿龋坏时看上去有黑洞。