怀孕初期孕酮水平低最主要的危害就是引起先兆流产或流产，最主要的临床症状是阴道内发生异常出血，出血量可多可少，可能同时伴有下腹部及腰底部疼痛下坠感。女性在怀孕初期精卵结合以后会分泌HCG，而黄体此时变为妊娠黄体，妊娠黄体随着怀孕时间的增加会分泌大量的孕激素，来维持胚胎在子宫内的安全。怀孕早期孕激素值相对比较低，随着怀孕天数的增加孕激素会逐渐增加。
一般来讲如果在怀孕初期，由于某些原因妊娠黄体分泌的孕激素比较低时，可能会出现少量的阴道出血。虽然此时HCG已经比较高了，同时胚胎发育也正常，有些人仍会表现为孕酮相对比较低，此时如果补充外源性的孕激素可以使阴道出血停止。随着怀孕的继续孕酮逐渐升高，当自身的孕酮能够维持妊娠时阴道出血会自然停止。但是如果胚胎出现问题，虽然怀孕还在继续，孕酮低会造成不可避免的流产，会出现阴道出血及腹痛的现象，同时有些人会使胚胎自动流出。因此孕酮低要注意是由于黄体分泌激素不足造成，还是胚胎异常造成，如果是胚胎异常通过补充激素常无法保住胎儿。