自主呼吸障碍多由于呼吸系统疾病而引起，如喉及气管狭窄、支气管哮喘、肺炎、阻塞性肺病、肺纤维化、大量胸腔积液、气胸等都会影响患者自主呼吸，从而出现呼吸困难的情况。同时如果患者患有心脏疾病，如出现左心功能不全而引起心源性肺水肿，也会导致自主呼吸障碍。另外各种原因导致的酸中毒，可以使血液中的二氧化碳升高，PH值降低，出现深大呼吸，使患者出现呼吸障碍，血氧值出现下降。