食管胃黏膜异位的病人如果没有临床症状，可以先暂时观察，不给予特殊处理 。但是因为异位的胃黏膜具有分泌胃酸的功能，会引起食管溃疡、出血或并发胃食管反流病，这个时候需要抑酸治疗，可以口服质子泵抑制剂。如果抑酸治疗没有效果，而且症状比较频繁，患者心理负担重，有可疑癌变，可以行内镜下治疗，必要时可行内镜下黏膜剥离切除。