目前仍缺乏能够有效逆转或控制病情发展的药物。运动神经元病致病因素多样且互相影响，故其治疗必须是多种方法的联合应用。运动神经元病的治疗包括病因治疗、对症治疗和各种非药物治疗。
一、一般治疗
1、当患者出现肌肉痛性痉挛，可对症采用解痉、止痛药物治疗。
2、当患者病情进展，出现呼吸衰竭时，可尽早采用无创呼吸机辅助呼吸，或根据具体情况选择是否行气管切开并机械通气。
二、药物治疗
利鲁唑：抑制谷氨酸释放的作用，有可能延缓病程、延长延髓麻痹患者的生存期，但对患者的肌力和生活质量没有显著改善。
三、心理治疗
运动神经元病的患者很有可能存在焦虑、抑郁的情绪，应加强心理疏导，必要时可给予抗焦虑、抑郁药物。如患者存在睡眠障碍应予心理治疗，并视情况给予佐匹克隆、唑吡坦等助眠药物。
四、其他治疗
1、近来有研究表明，神经干细胞移植、基因治疗等方法可能对运动神经元病有一定效果，但目前仍处于研究阶段，临床应用并不广泛。
2、可以应用针灸、按摩、理疗等中医疗法改善患者肢体状况。