儿童矮小的原因主要有三个方面，第一是遗传性的因素导致，如果父母身高比较矮，孩子有可能会出现身材矮小的情况；第二是营养因素导致，如果持续存在营养不良，营养不均衡的情况，也会影响孩子的生长发育，导致身高体重低于正常范围；第三是体内生长激素水平低导致，如果有生长激素缺乏，就可以导致出现儿童矮小的情况，也是儿童矮小症比较主要的原因。