肺放线菌病是由以色列放线菌感染引起的，以色列氏放线菌是人口腔正常菌群，该菌常寄生于健康人龋齿及扁桃体小窝内。在拔牙、外伤或其他原因引起口腔黏膜损伤时，放线菌可由伤口侵入。约15%病原菌经呼吸道进入肺而致病，亦可由相邻部位放线菌病直接波及。
肺放线菌病主要是感染以色列放线菌所致，以色列放线菌为一种条件致病菌，其无明显宿主，常寄生于人体的口咽、胃肠道和泌尿生殖道。当机体免疫力低下或黏膜保护屏障遭到破坏时，可通过吸入含有放线菌颗粒的分泌物、血行播散或腹部病灶的直接蔓延等多种途径引起感染。