多发性一过性白点综合征的病因可能与病毒感染，以及自身免疫疾病有一定的关联。其发病也可能与一系列相对常见的易感基因有关，这种基因的存在可能导致机体更容易发生免疫的失调，加之环境因素的诱发作用，便可能导致多发性一过性白点综合征。
1、可能与病毒感染及自身免疫疾病有关，有关其发病机制目前尚不完全清楚。
2、可能与感染因素有关。
3、可能是通过组织损伤、抗原暴露、新的抗原形成和免疫功能紊乱等原因，最终引起自身免疫反应，从而引起本病。