肾囊肿由小逐渐变大，压迫周围肾组织，引起腰困、腰痛，会影响肾功能，引起肾功能的下降，表现有食欲减退、贫血、乏力、水肿、血压增高等，或由于外部挤压会导致囊肿出血。
由于肾囊肿影响肾周围组织的肾血流，使其血流缓慢，当机体免疫力低下时，容易合并炎症，并随着炎症等病变的痊愈出现肾囊肿钙化灶，或由于肾囊肿内炎症，还会出现囊肿钙化、结晶、结石，囊肿引起周围肾组织肾小管病变，可能会逐渐形成另一肾囊肿。