恰加斯病的症状可分为急性期、隐匿期和慢性期，临床常见症状急性期有发热、颜面水肿、淋巴结炎、肝脾肿大、重症出现心力衰竭、心肌炎、急性脑膜炎等。并发症主要在慢性期发病，有心肌猝死、心力衰竭、肌痛、胸闷、心电图异常、巨食管炎、巨结肠及肺、脑栓塞等；并发症主要在隐匿期和慢性期发病，出现心力衰竭、心肌炎等。
1、急性期：感染后的数周急性期症状出现并持续存在。叮咬后患者会出现乏力、发热、周身疼痛、头痛、易怒、纳差、腹泻以及呕吐。但是临床上也有少数患者此期没有或者只有轻微症状。临床可出现局部的恰加斯肿，在儿童患者偶有多发性恰加斯肿，呈结节性炎性肿胀。若患者被叮咬在面部，靠近叮咬一侧的眼睑出现无痛性炎性水肿和结膜炎，即Romana征，可伴有邻近淋巴结肿大。Romana征也被视为恰加斯病急性期最显明病征。极少数儿童或者成人患者会因严重心肌炎症或脑部炎症死亡。在因艾滋病而致恰加斯病复发的患者，原虫可通过血脑屏障引起致死性的脑膜脑炎。一部分血清阳性的孕妇，原虫可经胎盘引致流产或早产。先天性感染的患儿常见肝脾大，可有发热、水肿、转移性恰加斯肿及神经系统症状如惊厥、震颤、反射减弱和呼吸暂停，心脏累及的指征少见。
2、隐匿期：常出现患者心电图变化。
3、慢性期：慢性期的主要症状表现在神经系统、消化系统和心脏。约2/3慢性期患者具有心脏损伤，体现为扩张型心肌病。与各种非恰加斯病心脏病相比较。从猝死的病例数、循环衰竭等方面分析，恰加斯病心脏病的临床进程更差。约1/3患者患有消化系统损伤，表现为消化道扩张，伴体重下降。吞咽障碍是消化道损伤的早期症状。慢性恰加斯病最常见的消化道累及部位是食管和结肠，可形成巨食管和巨结肠，前者更为常见。在急性感染阶段食管和结肠平滑肌可有中度或严重的炎性反应，并累及肠肌丛即Auerbasch神经丛。因蠕动减少，食物反流淤积，患者吞咽困难并出现严重便秘，致食管和结肠进行性扩张。