双肾囊肿钙化是双肾囊肿被含有草酸钙、尿酸钙等物质的尿液所沉积、覆盖所致。由于双肾囊肿是后天双肾小管的小憩室，逐步扩大发展来。双肾囊肿内的囊液经过数年蓄积不能排出体外，由清稀变重浊，由小变大。
如果囊内的囊液有微小炎症时，囊液内的含钙物质草酸钙、尿酸钙会覆盖、沉积于双肾囊肿内，最终形成双肾囊肿钙化灶。