骨外软骨肉瘤的病因目前尚未明确。可由骨骺软骨游离至骨表面生长而成；亦可起源于鼓膜细胞层或起源于肌腱附着的前软骨纤维组织。在生物学上，骨外软肉瘤的发生与8、11、19号染色体机构异常有联系。
1、基因遗传：临床资料显示，家族基因遗传与骨外软骨肉瘤的发生有一定的关系。
2、良性疾病发生恶变：骨外软骨肉瘤的发生一定程度上与良性肿瘤的恶变有密切联系，骨外软骨肉瘤可由良性肿瘤发展而来。
3、软组织生长异常：软组织异常生长也有可能导致骨外软骨肉瘤的发生。