流行性感冒引起大流行的主要原因是甲型流感病毒容易形成新的亚型，甲型流感病毒除了感染人外，还可引起禽、猪等多种动物感染，易于发生变异。甲型流感主要是血凝素和神经氨酸的变异，流感病毒发生变异的形式主要是抗原漂移和抗原转换两种形式。抗原漂移是由于基因组发生突变导致抗原发生小幅度的变异，不产生新的亚型，属于亚型内的变异，其出现频率较高有累及效应，当达到一定程度后可引起中小型的流感流行。而抗原转换是由于编码基因变异幅度大，往往产生强的致病株，人体原免疫力对于变异产生的新亚型可完全或部分无效，可引起大流行。不过发生抗原转换的频率较低，发生缓慢。病毒抗原变异发生很快，导致人类无法获得对流感病毒的持久免疫力，同时也为疫苗的研制带来了困难。