治疗幽门螺杆菌的三联疗法包括两类：第一、以质子泵抑制剂也就是PPI为基础，另外加两种抗菌药物组成的三联疗法；第二、以铋剂为基础，另外再加两种抗生素，三种药物组成的三联疗法。
常用的抗生素有阿莫西林、克拉霉素、甲硝唑或替硝唑、呋喃唑酮、四环素等，选取两类不同的抗生素联合应用，可选用的质子泵抑制剂有奥美拉唑、雷贝拉唑、泮托拉唑、兰索拉唑等，可选用的铋剂有胶体果胶铋、铝酸铋颗粒等含铋剂的药物，治疗的疗程是7-14天。