咖啡会对胃黏膜造成一定的刺激，可能还会引发胃食管反流病，因此有些人不能耐受咖啡。
如果喝完咖啡感到恶心，可以临时吃铝碳酸镁片中和一下胃酸，在胃黏膜表面形成一层物理性的保护膜，可以在一定程度上缓解上腹部不适的症状，还可以给予多潘立酮这一类促动力的药物来协助缓解上腹胀痛的症状。如果还不能缓解，还可以再口服质子泵抑制剂，抑制胃酸的分泌。胃酸是胃黏膜上皮的重要的侵袭因子，抑制了胃酸以后，胃黏膜的损害因子减少，伴随着保护胃黏膜药物增强防御屏障，就可能会缓解喝咖啡之后上腹部不适、恶心等症状。