睡觉的时候咳嗽甚至咳醒主要的原因有以下几点：
1、是否有鼻后滴流综合征，在睡觉的过程中是否感觉有分泌物从鼻子往咽后壁流，刺激呼吸道引起咳嗽。
2、气管黏膜过敏性的疾病，比如咳嗽变异性哮喘或者支气管哮喘，经常发生在夜间和凌晨，会感觉睡觉的时候咳嗽。
3、胃食道反流会觉得反酸、烧心，刺激呼吸道引起咳嗽。
以上这几种情况经过有效的对症治疗，症状能明显的改善。