肾结核的主要病理改变，可以在肾小球出现粟粒样的结核结节，可以在肾髓质以及肾盂、肾乳头发现干酪样的坏死物质，也会形成空洞。如果病变不能局限或者进一步发展，可以出现结核性的脓肿。
更严重者会出现梗阻性肾皮质萎缩，表现为肾盂、肾盏纤维化、管壁增厚、肾盏变性和狭窄，使梗阻进一步加重了肾实质的破坏。如果结核菌导致输尿管狭窄，完全闭塞后会出现肾自截。
此类患者应积极诊治，并维持良好生活习惯，辅助病情好转。