特发性嗜酸性粒细胞增多症患者，首选糖皮质激素。反应性或继发性患者，需要针对原发病进行治疗，如果效果不好，还可以进行异基因造血干细胞移植。
一、药物治疗
1、特发性粒细胞增多症患者，首选治疗是糖皮质激素。对激素耐药，则需增加或改用细胞毒类药物，如羟基脲、环磷酰胺、马利兰等，需注意骨髓抑制等不良反应。激素治疗失败后，可选用α-干扰素。对具有PDGFRA基因异常的慢性骨髓增殖性肿瘤患者，伊马替尼的有效率接近100%，使用剂量通常低于慢粒时的用量，但是需要长期维持治疗。
2、对于继发性嗜酸性粒细胞来说，现代医学强调病因治疗，嗜酸性粒细胞增多是一组疾病的共同表现，因此病因治疗极为重要，疑为寄生虫感染时应给予驱虫药进行驱虫治疗；嗜酸性粒细胞膀胱炎可采用糖皮质激素综合治疗；变态反应性疾病引起的可采用抗过敏治疗等；炎症反应可采用抗炎药物进行治疗；免疫系统疾病可给予相应的免疫抑制剂进行治疗。
二、手术治疗
对存在肿瘤引起本病的患者，可以采用相应手术切除。换瓣手术来对有心脏瓣膜有损害的患者进行治疗。脾脏切除术来治疗有脾脏损害的患者。白血病患者可采取骨髓移植术来治疗。
三、其他治疗
对于治疗效果不好的患者，可进行异基因造血干细胞移植的治疗。对于白细胞和嗜酸性粒细胞高的患者，可进行细胞单采术。防止患者血栓栓塞可进行抗凝和抗血小板治疗。