新生儿最常见的疾病是感染性疾病，如新生儿肺炎，新生儿脐炎，新生儿肠炎，严重的感染可引起新生儿败血症，新生儿坏死性小肠结肠炎，新生儿颅内感染等。新生儿黄疸也是常见疾病。新生儿窒息，新生儿缺氧缺血性脑病，新生儿颅内出血，新生儿出血症也较常见。早产儿因为脏器发育不成熟，容易出现新生儿呼吸窘迫综合征，早产儿脑病，新生儿低血糖，暂时性甲状腺功能减低等。先天性心脏病可在新生儿期确诊。各种畸形如膈疝，肠闭锁等也不少见。