器质性心脏病主要遵循早期和长期、积极而全面的治疗。治疗目标是改善临床症状和生活质量，预防或逆转心脏重构，减少再住院，降低死亡率。
一、药物治疗
器质性心脏病是心脏疾病的总称，包括先天性心脏病、冠状动脉粥样硬化性心脏病、高血压性心脏病、风湿性心脏病、肺源性心脏病、心肌病、心脏肿瘤、血管病变等。不同类型的心脏病，治疗方法不一样。但是大多数器质性心脏病都会用到以下几类药物：β受体阻滞剂、血管紧张素转换酶抑制剂、血管紧张素受体拮抗剂、辅酶Q-10、他汀类降脂药、抗栓药物。
1、β受体阻滞剂：临床试验已证实长期应用β受体阻滞剂(酒石酸美托洛尔、比索洛尔及卡维地洛)，能改善心脏病患者的症状和生活质量，降低死亡、住院、猝死风险。
2、血管紧张素转换酶抑制剂和血管紧张素受体拮抗剂：血管紧张素转换酶抑制剂，如卡托普利和血管紧张素受体拮抗剂，如缬沙坦、肾素-血管紧张素系统，主要用于临床高血压病以及其他心肾疾病的治疗，如心力衰竭、左心室肥厚、心房颤动代谢综合征等，现已广泛应用于心内科。
3、辅酶Q-10：心肌细胞能量代谢障碍在心脏病的发生和发展中发挥一定作用，有研究显示使用改善心肌能量代谢的药物，如辅酶Q-10可以改善患者症状和心脏功能，改善生活质量，但对远期预后的影响尚需进一步研究。
4、他汀类降脂药：他汀类降脂药是目前临床上应用最广的一类降脂药，常用的代表药物用阿托伐他汀、瑞舒伐他汀、氟伐他汀、辛伐他汀等，这类药物除了可以使血脂的各类指标降至正常外，应用最多的情况就是预防和减缓冠心病、动脉粥样硬化以及心脑血管事件的发生。此外，还可稳定血管内已经形成的斑块，甚至逆转斑块，使斑块变小或者消失。
5、抗栓药物：抗血栓药物包括抗血小板和抗凝药物，抗血小板药物主要有阿司匹林、氯吡格雷、替格瑞洛等，它们可以抑制血小板聚集，避免血栓形成而阻塞血管。抗凝药物主要有普通肝素和低分子肝素，对于冠心病患者来说，抗栓药物是基石。
二、手术治疗
器质性心脏病的种类较多，每种心脏病的手术治疗方法都不一样，包括先天性心脏病的矫正手术、冠心病的动脉搭桥手术以及风心病的瓣膜修补和置换手术，甚至心脏移植手术，这些均是技术成熟、疗效比较显著的治疗方法。