肾囊肿伴结石的处理办法，取决于肾囊肿的位置、大小，以及肾结石的位置、大小。如果结石发生在肾囊肿内，有另外的处理办法。一般情况下肾囊肿为单纯存在，位于肾的实质，如果肾囊肿在4cm以下可以不做处理，动态观察即可。
一旦肾囊肿迅速增大超过4cm，出现局部的压迫症状，需要进行微创手术进行治疗。肾结石一般发生在肾盂或者肾盏，小于1cm以下的肾结石采用的方法是饮水、排尿、运动，可以使用排石冲剂。如果结石超过1cm以上，可以进行微创治疗。一旦肾结石发生在囊肿内部，如果囊肿比较小可以不作处理，囊肿较大伴有结石时可以进行囊肿治疗，把结石取出。