囊肿的手术费用主要是看是什么部位的囊肿，例如最常见的手脚、四肢皮肤表面的腱鞘囊肿，门诊局部麻醉手术就可以，手术费用大约1000元左右。手术后口服消炎药大概几十元。
但是如果囊肿比较大，超过7-8cm，而且囊肿的位置位于大血管、神经等重要位置，手术会造成神经血管的损伤则需要住院手术治疗，手术的费用可能要数千元。如果囊肿是重要的内脏，例如肾囊肿、肝脏囊肿等，由于手术风险比较大，手术前期准备多，则需要上万元的费用。