1、病理切片活检：将疑似组织取一片，进行染色处理，在高倍下查找挖空细胞。
2、免疫组织学检查：常用过氧化物酶-抗过氧化物酶方法(PAP)，显示湿疣内的病毒蛋白，以证明疣损害中有病毒抗原。HPV蛋白阳性时，尖锐湿疣的浅表上皮细胞内可出现淡红色的弱阳性反应。
3、组织化学检查：取少量病损组织制成涂片，用特异抗人类乳头瘤病毒的抗体作染色。如病损中有病毒抗原，则抗原抗体结合。在过氧化物酶-抗过氧化物酶方法(PAP)中，核可被染成红色。此法特异性强且较迅速，对诊断有帮助。
4、肛门直肠镜检查：齿状线上下和直肠末端可见淡红色乳头或菜花状柔软赘生物，质脆，触之易出血。
5、醋酸白试验：用3%~5%的醋酸液涂抹患处，等待3~5分钟后可见患处皮肤变白。因简便易行，广泛用于临床。但局部如有炎症，也可发白而出现假阳性。
6、阴道内镜检查：女性患者可进行阴道内镜检查，常见为扁平疣状，多发性，表面呈白色，颗粒状；菜花样上皮增生；穗状，呈白色，表面粗糙不平；湿疣宫颈阴道炎，黏膜表面可见许多粗糙面或菜花状湿疣。