婴儿一旦确诊甲状腺功能减低症，不论病因在甲状腺本身或在下丘脑-垂体，应立即治疗。先天性甲低系甲状腺发育异常者，需终身治疗。新生儿疾病筛查诊断的先天性甲低，治疗剂量应该一次足量给予，使血FT4维持在正常高值。而对于大月龄的下丘脑-垂体性甲低，甲状腺激素需从小剂量开始，同时给予生理需要量皮质激素治疗，防止突发性肾上腺皮质功能衰竭。若怀疑有暂时性甲低者，可在治疗2年后减药或停药1个月复查甲状腺功能，若功能正常，则可停药定期观察。