含有芽孢的几种比较特殊的厌氧菌，比如破伤风梭菌、肉毒梭菌、艰难梭菌、产气荚膜梭菌引起的感染，有其特殊的症状表现。没有芽胞的厌氧菌常常与需氧菌混合感染，所以临床症状与需氧菌引起的感染症状类似，但出现以下几种特殊表现时，常常提示是厌氧菌感染：
1、感染部位的分泌物有明显的腐臭味，局部组织有明显的坏死或者坏疽，组织或渗出物当中有气体，常常提示是厌氧菌的感染，但是如果分泌物当中没有腐臭味或者是没有气体，也不能够完全除外厌氧菌的感染。
2、厌氧菌常常是侵犯体内的腔道器官，比如常常引起耳、鼻、口腔、腹腔、盆腔、胸腔的感染。另外，吸入性肺炎多为厌氧菌感染。
3、厌氧菌很容易引起病灶的化脓，比如吸入性肺炎如果没有及时处理，很快就可以形成肺脓肿，85%的脑脓肿都可以分离到厌氧菌，所以厌氧菌在一般情况下如果没有及时治疗，常常会有脓肿表现。另外，也可以引起化脓性的血栓性静脉炎。