小儿慢性粒细胞白血病的发生与患者9号染色体与22号染色体换位有关，从而形成了新的BCR-ABL基因，该基因产生BCR-ABL蛋白，引发粒细胞生长失控。该疾病好发于10~14岁儿童，男性更常见，遭受过辐射的人群更容易发病。
一、主要病因
慢性粒细胞白血病大部分原因是基因突变产生了异位染色体，因首先在费城发现，故称费城染色体(Ph染色体)。研究已明确Ph染包体累及的融合基因为BCR-ABL，即9号染色体易位至22号染色体。该融合基因编码融合蛋白，扰乱了细胞内正常的信号传导途径，使细胞失分化并抑制细胞凋亡，最终导致了小儿慢性粒细胞白血病的发生。
二、诱发因素
电离辐射是成人型慢性粒细胞白血病明确的危险因素，之前曾遭受过辐射，例如原子弹爆炸、核电站事故的人群，发生该类白血病的风险会明显升高。