儿童巨细胞病毒感染主要为抗病毒治疗，对免疫功能正常的无症状或症状轻微患儿无需抗病毒治疗。
一、一般治疗
如儿童巨细胞病毒感染所致肝炎时行降酶、退黄、护肝治疗；儿童巨细胞病毒感染致肺炎有呼吸困难时给予氧疗等；同时注意防治二重感染。
二、药物治疗
符合临床诊断或确定诊断标准并有较严重或易致残的巨细胞病毒疾病包括间质性肺炎、黄疸型或淤胆型肝炎、脑炎和视网膜脉络膜炎（可累及黄斑而致盲），尤其是免疫抑制者如艾滋患儿；移植后预防性用药；有中枢神经损伤（包括感音神经性耳聋）的先天感染者，早期应用可防止听力和中枢神经损伤恶化者可选择抗病毒药物治疗。
1、更昔洛韦：为首个获准应用的抗巨细胞病毒感染的药物，迄今仍为首选，可参与诱导治疗、维持治疗等。
2、缬更昔洛韦：可用于18岁以上艾滋病患儿巨细胞病毒视网膜炎的治疗。
3、膦甲酸：儿童一般作为替代用药，特别是单用更昔洛韦仍出现疾病进展时，可单用或与更昔洛韦联用。
三、手术治疗
本病无手术治疗。