针对口腔尖锐湿疣的治疗主要分为局部治疗和全身治疗，局部治疗方面，如果是比较局限的尖锐湿疣疣体，可以采取物理疗法，比如二氧化碳激光、电离子烧灼、液氮冷冻、微波治疗等都有效，但是要注意小心操作，避免损伤周边的正常组织。
另外，可以使用药物疗法，比如抗病毒的干扰素凝胶、咪喹莫特乳膏或者使用像鬼臼毒素酊、三氯醋酸等，也要严格的掌握使用方法，局部疣体点涂，避免刺激周边的正常组织，大的口腔尖锐湿疣还需要通过手术的方法将其切除。如果是全身性的治疗，主要是提高机体的免疫力，比如可以肌肉注射干扰素，口服胸腺肽、转移因子等，通过增加机体的免疫力，促进尖锐湿疣的消退，减少其复发。