1、问诊：通过了解患者的职业或既往经历，如有无植物外伤史、有无长期服用抗生素、激素史等，来帮助诊断疾病。
2、裂隙灯检查：裂隙灯显微镜是眼科常用的一种检查设备，裂隙灯显微镜有放大作用，可以查看用肉眼不容易发现的病变。在临床上，裂隙灯可以用来检查以下组织，从前往后可以依次看到眼皮的外观、结膜、角膜、前房、房水、瞳孔、晶状体、玻璃体的前1/3。我们可通过使用裂隙灯检查得出角膜溃疡灶的面积、浸润程度、前方积脓的情况。
3、角膜刮片脱落学细胞检查：角膜刮片10%氢氧化钾湿片镜检真菌菌丝阳性，真菌培养阳性，可确诊为真菌性角膜溃疡。
4、真菌培养：观察菌属菌落的特征并进行菌属鉴定，从而帮助确定治疗方案。
5、临床共聚焦显微镜检查：快速、有效、可重复进行的活体检查方法，能观察到角膜组织中的菌丝和(或)孢子的情况。